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一、按照農業部頒標準，三者概念為：
1、有機肥，指主要來源于植物或動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經過無害化處理的有機肥稱為精制有機肥。本文中有機肥指精制有機肥。
2、生物肥，指由特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。包含復合微生物肥料。
3、生物有機肥，指特定功能微生物與主要動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。

二、三者區別與相似點：

1、三者相似點：
（1）都具有肥料的功能，均為植物提供營養；
（2）都含有一定數量的微生物菌落；

2、三者區別點：
（1）所含微生物種類與作用不同：
   A、有機肥通過發酵微生物作用而腐熟，其所含微生物種類相對較多，各自數量多少不一，主要為無害化作用后剩余的耐高溫、活性高的微生物，對作物生長發育不一定都具有積極作用；
   B、生物肥所含微生物一般為在滅菌處理營養基質上所接種微生物的繁殖產生的后代，微生物種類特定，多為功能性有益微生物，對植物生長發育起積極作用。
   C、生物有機肥所含微生物主要為在精致有機肥中添加特定功能性微生物。對植物生長發育起積極作用。
（2）功能側重點不同：
   A、有機肥以提供植物營養為其主要功能，其養分經過微生物發酵分解供作物吸收利用。它能改善土壤結構，同時為微生物生命活動提供能源和養分，促進土壤微生物的活動，因而能有效地調節土壤中水、肥、氣、熱，從而提高土壤肥力；
   B、生物肥主要功能在于以微生物生命活動的產物來提高土壤肥力，刺激植物生長，或抑制有害微生物的活動，增加作物的抗病力和抗逆性，促進作物對養分的吸收，提高農產品產量或改善農產品品質。對土壤、肥料中營養起轉化增效作用，并不足以代替其它肥料。
   C、生物有機肥則將二者功能有機合理的予以融合，既克服了有機肥肥效遲緩，又克服了生物肥作用發揮易受環境、對象等特點制約作用，利于發揮菌肥和有機肥有互補增促作用，產生1+1>2的效果。